五华县个协会成立后，几任秘书长不是病逝就是患病不能上班，纷纷传言当秘书长不吉利，一度无人愿担任此职。1996年初，组织上决定由李运娣担任秘书长。她抛弃世俗偏见，毅然走马上任。

协会是众多会员组织起来的群众团体，会员是协会的根，协会是会员的家。为了理好这个家，李运娣不顾身患多种疾病，不辞辛劳，忘我工作。1997年8月，由于受10号强台风的袭击，个体私营企业损失严重。在特大水灾面前，她一方面深入各镇，组织会员生产自救，一方面发动全县个体工商户、私营企业捐款12430元，组织慰问团到受灾严重的龙村、安流、横陂、双华等镇，给重灾户送去会员捐款和慰问金，使他们感受到组织的温暖，增强了战胜困难的信心和决心。对会员生病住院、意外事故等，她都及时组织有关人员上门慰问。